Hallo Timaximus,
ich würde zuerst versuchen, ein von der Anlage getrenntes Gleisstück (am besten K-Gleis, wegen der gegenseitig isolierten Schienen) an die IntelliBox anzuschließen wegen der Stromversorgung. Dann würde ich eine Seite des Gleises an einen Rückmeldedekoder anschließen und in der IB den Dekoder erfassen, falls keine Anschlußstelle an einem bereits installierten Dekoder mehr frei sein sollte. So hättest Du jetzt ein Gleisstück mit Rückmeldung, das von der übrigen Anlage total getrennt ist.
Zusätzlich kannst Du (musst Du aber nicht) jetzt auch in WDP dieses Gleisstück mit dem Editor einzeichnen und den Rückmeldekontakt eintragen.
Jetzt stelle Deine NS-Lok darauf und beobachte das Ergebnis.
Wenn nun nur die Besetztmeldung des getrennten Gleisstücks blinkt anstatt konstant "belegt" auf der IB (in WDP rot) zu zeigen, dann könnte etwas mit der Lok nicht in Ordnung sein. Da wäre dann daran zu denken, welcher Dekoder in der Lok eingebaut ist und als welcher Dekoder er in der IB und in WDP erfasst ist. Vielleicht hilft hier schon eine eventuell erforderliche Korrektur. Möglicherweise vertragen sich aber auch Deine Rückmelder nicht mit der Lok, weil die Schaltungstechnik in der Lok nicht kompatibel ist.
Aber ganz eigentlich dürften nicht 33% des Gleisbildes blinken, sondern nur der von der Lok besetzte Gleisabschnitt. Sonst wäre noch zu vermuten, dass die Trennung zwischen den einzelnen Rückmeldeabschnitten auch nicht hundertprozentig funktioniert. Möglicherweise gibt es aber ein Zusammenspiel zwischen Rückmelder, Dekoder in der Lok und Schaltungstechnik der Lok. Hier hilft wirklich nur, Schritt für Schritt vorzugehen. Etwa so wie vorstehend beschrieben. Viel Erfolg bei der Ursachenforschung!!